バージョンアップしたら設定が全部吹っ飛んだ・・・汗
ちなみにフォントの設定がTools/Program settings/Mainから出来るようになって喜んだのだけど、Console FontとDefault Fontだけということで、なんかエディタ部分のフォントは従来どおり”C:\Documents and Settings\User\Local Settings\Application Data\FlashDevelop\Settings\ScintillaNET.xml”で行うかんじらしい。まぁ良いけど。
何が具体的に変わったのかまだ良く分からないですが、Global Classパスを色々設定している人は先にそこらへんメモしてからバージョンアップしてください。(一応プロジェクトレベルで設定されているクラスパスはそのまま継承されています)