スウォッチパネルのメニューから「使用したカラーを追加」を選択したら別名スウォッチで復元できた。

記憶を辿ってみるとスウォッチ名を変更したような気がする。んで、無効になったスウォッチは前の名前のもの。なんとなくリネームした結果が変な感じでバグって残っているような印象。

これで解決できたかと思ったものの、無効になってる過去スウォッチを削除するために「未使用項目を選択」を実行しても選択されないので、AIデータ自体が怪しい状態な気がする。
とりあえずカラーだけ復元できたので、これだけ継承してデザインデータは新規で作成し直す・・・
「Illustratorのカラースウォッチの設定が消失」への2件の返信
再起動しても駄目っぽい
結論としては、リネームしたスウォッチのリネーム前名スウォッチが不正な状態で残って制御不能になっていたという感じ。